1. Tài nguyên biển

Non nước Khánh Hòa khoe trọn những cảnh sắc thiên nhiên tuyệt đẹp, lộng lẫy làm say lòng người. Với bờ cát trắng miên man, uốn lượn, gần 200 hòn đảo lớn nhỏ cùng nhiều vịnh biển đẹp như tranh, biển, đảo Khánh Hòa luôn mời gọi, quyến rũ từng bước chân đi về…

Về mặt sinh thái, vùng biển Khánh Hòa là một trong những hình mẫu tự nhiên hiếm có của hệ thống vũng, vịnh trên thế giới bởi nó có hầu hết các hệ sinh thái điển hình, quý hiếm của vùng biển nhiệt đới. Đó là hệ sinh thái đất ngập nước, rạn san hô, rừng ngập mặn, thảm cỏ biển, hệ sinh thái cửa sông, hệ sinh thái đảo biển, hệ sinh thái bãi cát ven bờ... Đặc biệt, tại vịnh Nha Trang có 11 loài thú biển quý hiếm như: Cá heo lưng bướu Thái Bình Dương (Sousa Chinensis), cá heo răng nhám (Steno bredanensis), rùa biển (vích) và đồi mồi. Các nhóm sinh vật đáy biển sâu cũng rất đa dạng: Giun nhiều tơ 40 - 80%; hải sâm kích thước lớn 30 - 80%... Ngoài ra, còn có các loài sao biển, cầu gai, hải miên, hải quỳ...

Biển Khánh Hòa có nồng độ muối tương đối cao, thuận lợi cho việc sản xuất muối tập trung và các sản phẩm sau muối, nhất là muối công nghiệp. Vùng ven biển có nhiều đầm vịnh phù hợp phát triển du lịch và phát triển nuôi trồng thủy sản và sản xuất tôm giống là một thế mạnh của ngành thủy sản.

2. Tài nguyên rừng

Khánh Hòa là một trong những trung tâm về đa dạng sinh học rừng, bao gồm nhiều thành phần di cư từ nhiều luồng khác nhau từ Bắc vào Nam, có cả các hệ thực vật Nam Trung Quốc, Indonesia, Malaysia, trong đó có nhiều loài bản địa quý hiếm như: Pơ mu, Thông 2 lá dẹp, Bách xanh, Hồng Tùng, Quế rừng, Xá xị, Dó bầu, Sồi Langbiang, Sơn huyết, Lan đài hài cuộn...; đa dạng về cây cảnh, nguồn lan rừng, xuất hiện một số loài cây mới được công bố như: Đa tử trà hương, Trà cành dẹp. Động vật rừng cũng có nhiều loài chim, thú quý hiếm như: Vượn đen má hung, Chà vá chân đen, chim Hồng hoàng, Sóc bay...

3. Tài nguyên khoáng sản

Khánh Hòa có nhiều loại khoáng sản như: Nước khoáng, titan sa khoáng, molybden, Wonfram, quặng vàng, thiếc, cát thủy tinh, đá ốp lát, đá granite, các loại đá phun trào…